在故事的开始，玩家被迫在两条路线之间做出选择。另一方面，《真女神转生V》中讲述的故事是“创世女神”。另一个是“复仇女神”，一个被压迫者的复仇传奇。“复仇女神”遵循“ShinMegamiTenseiV”的场景，但在游戏中期后发生了重大变化。最后，一个完全不同的结局在等待着。